Vraisemblablement fondée à l’époque carolingienne (fin VIII°-IX° siècle), elle constitue le cœur historique du village actuel. Elle est un exemple intéressant des églises fortifiées du Moyen-Age. De style roman, elle a été fortifiée au XII° siècle, pour être complètement achevée au XV°. Il semble que le noyau villageois, appelé « le Fort », regroupait plusieurs maisons autour de l’église, du presbytère et du château, protégé par un mur d’enceinte. Au XVI° siècle, on dénombre une quarantaine de maisons, dont la majorité se concentre dans le Fort.

Le village et la population d’Antugnac furent particulièrement éprouvés pendant les guerres de Religion. En 1573, les Huguenots ravagèrent le pays, incendiant Cairac, détruisant champs et récoltes, pillant le bétail. Sept ans plus tard, en février 1580, le village eut à subir un nouvel assaut. Les assaillants, s’étant emparés d’Alet, remontèrent le cours de l’Aude, pour mettre le siège devant le château de Couiza, dont ils ne tardèrent pas à se rendre maître. Comme souvent pendant les Guerres de Religion, cette invasion s’accompagna de grandes dévastations, qui n’épargnèrent pas Antugnac, malgré la résistance énergique de ses habitants. Celle-ci est relatée dans un document conservé en la mairie d’Antugnac et établi par Mr de Coustaussa. En voici un extrait :

« Le 19 février, les Huguenots assiégèrent Antugnac. Les habitants se réfugièrent dans l’église avec Mr d’Antugnac. Celui-ci donna l’ordre de mettre le feu à sa grange, autrement appelé le cortal, et dans laquelle, outre ses réserves de foin et de pastures, étaient abritées environ huit cents bêtes à laine qui périrent dans l’incendie. Cette action permit de repousser les envahisseurs tout en en tuant un grand nombre. »

L’église Saint-André fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis le 14 janvier 1932.